Як пишеться ну?

Коректно: Ну а взагалі, краще одразу взяти пару ящиків.

Чи потрібно ставити кому після Ну?

Виділяються розділовими знаками цілісні поєднання, до яких входить частка «ну»: "ну так", "ну і що", "ну що", "ну вже", "ну що ж", "ну і що ж" та інші. Між елементами поєднання кома не ставиться.